基本案情
2007年，张卓与他人在陕县进行采矿活动。在经营过程中，该矿被相关部门列入无证矿治理名单，但张卓等人并未停止非法开采活动。后经国土资源厅认定，该矿的非法开采行为造成了矿产资源损失139万余元。
评析意见
一、程序方面
1. 管辖问题：
检察机关在侦查过程中，曾将案件移送至没有管辖权的三门峡市湖滨区公安分局管辖。此举违反了刑事诉讼中的管辖原则，可能导致案件的侦查和审判缺乏合法性和公正性。
2. 自行立案侦查问题：
检察机关后又对不属于自己侦查范围的非法采矿罪、逃税罪自行立案侦查。这一行为同样违反了刑事诉讼的分工负责、互相配合、互相制约的原则，属于程序不当。
3. 取证主体不合法：
由于上述程序问题，检察机关作为取证主体的合法性受到质疑。因此，其所取得的证据可能因取证主体不合法而应予排除。
二、实体方面
1. 证据不足：
认定张卓指使他人进入该矿参与管理、投资、收益分配的事实没有任何证据证明。这直接影响了对张卓在非法采矿活动中的具体作用和责任的判断。
2. 未进行侦查取证：
检察院对09年刑法343条规定的构成非法采矿罪的客观方面（如违反矿产资源法的规定、未取得采矿许可证、经责令停止开采后拒不停止开采、造成矿产资源破坏等）均未进行侦查取证。这导致了对张卓是否构成非法采矿罪缺乏充分的证据支持。
综上所述，张卓非法采矿案在程序和实体方面均存在严重问题。程序上的不当和取证主体的不合法可能影响了证据的合法性和有效性；而实体上的证据不足和未进行必要的侦查取证则直接影响了对张卓犯罪行为的认定和责任的判断。因此，在处理此类案件时，应严格遵守刑事诉讼程序和相关法律规定，确保案件的公正、合法和有效处理。
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